当社のルーツは、江戸時代に灘〜江戸間の清酒輸送に使用された樽廻船にさかのぼる。
江戸時代中期以降、銘酒「白鹿」の醸造元である辰馬家は、自らが擁する樽廻船で自家醸造の清酒を輸送しており、明治18年「辰馬回漕店」とし、明治42年、海運専門企業「辰馬汽船合資会社」が設立された。
以降、大正5年に「辰馬汽船株式会社」、昭和22年に「新日本汽船株式会社」へと改組された。
昭和39年の海運二法の実施による外航オペレータの集約に際し、中核体の合理化に寄与するため、新日本汽船株式会社より近海・内航船舶取扱業務を分離独立し、「新日本近海汽船株式会社」が設立された。